“Identificarea profilelor moleculare transcriptomice in cancerul de col uterin avansat prin studii de genomica functionala.”

Rezumatul proiectului
Obiectivele generale si rezultatele estimate a fi obtinute
Institutia coordonatoare a proiectului
Autoritatea Contractanta (finantatore a proiectului)
Durata proiectului
Activitatile si responsabilitatile aferente fiecarui participant (Planul de realizare)

Bugetul proiectului
Rezultatele obtinute in fiecare etapa de derulare a proiectului:
Rezultatele finale ale proiectului

Publicatii


Rezumatul proiectului

Proiectul CERVIX-array se subscrie in domeniul Sanatate aria 4.1.3. Metode de investigatie si interventionale bazate pe medicina moleculara si celulara, genomica şi proteomica.
Proiectul de cercetare este unul complex, in parteneriat, si urmareste dezvoltarea stiintelor interdisciplinare si a tehnologiilor de varf: genomica (microarray cDNA - Whole Human Genome) si poteomica (protein-array) in Romania in domeniul oncologic. Subdomeniul ales este cel al patologiei colului uterin si vizeaza identificarea de noi tinte moleculare premergatoare stabilirii unor terapii individualizate in predictia raspunsului la terapie in stadiile avansate IIB–IIIB. In Romania cancerul de col uterin reprezinta o reala problema de sanatate publica, atat in ceea ce priveste frecventa cat si mortalitatea, situandu-ne pe primul loc in Europa si locul 6 in lume. Tratamentul clasic al cancerului de col uterin avansat loco-regional asigura o supravietuire la 5 ani de 66-76% in stadiul IIB, 45-56% in IIIA si 36-40 % în IIIB.
Obiectivele principale ale acestui proiect constau in
♦Identificarea profilelor moleculare transcriptomice in cancerul de col uterin avansat (stadiile IIB-IIIB) prin studii de genomica functionala ca factor de predictie in raspunsul la radioterapie; ♦corelarea subtipurilor virale HPV de risc crescut cu clusterele de diferentiere genomice pentru a defini diferentele de agresivitate tumorala si implicit supravietuirea pacientelor investigate.
Obiectivele specifice ale proiectului constau in genotiparea tulpiunilor HPV prin PCR
♦ realizarea etapelor studiului de genomica prin microarray–WHG, la nivelul intregului genom uman;
♦identificarea unor semnaturi moleculare specifice fiecarui tip de stadiu avansat, pentru evidentierea diferentelor de expresie genica la tratamentul cu radioterapie
♦corelarea raspunsului clinic cu datele de genomIca si proteomica ♦validarea prin tissue array a principalelor proteine tisulare asociate genelor evaluate;
♦ evaluarea markerilor serici angiogenici implicati in invazie si metastazare precum si raspuns imun (Th1/Th2) prin protein-array ;
♦ implicarea factorilor de risc in rezistenta la radioterapie (realizarea unui protocol de urmarire conform conditiilor de viata si a incarcaturii genetice).

Obiectivele generale si rezultatele estimate a fi obtinute:

Obiectivele generale al acestui proiect constau in ♦Identificarea profilelor moleculare transcriptomice in cancerul de col uterin avansat (stadiile IIB-IIIB) prin studii de genomica functionala ca factor de predictie in raspunsul la radioterapie; ♦corelarea subtipurilor virale HPV de risc crescut cu clusterele de diferentiere genomice pentru a defini diferentele de agresivitate tumorala si implicit supravietuirea pacientelor investigate.

Obiectivele specifice ale proiectului constau in:
♦ gruparea exacta a pacientelor pe baza unor criterii de includere si excludere (varsta ; stadializare ; evaluari imagistice ; biopsie tumorala ghidata ; status hormonal ; markeri serici tumorali ; lipsa tratamentelor citostatice anterioare).
♦ identificarea prin qRT-PCR a suptipurilor vilare HPV de risc crescut
♦ realizarea etapelor studiului de genomica prin microarray–WHG, la nivelul intregului genom uman;
♦identificarea unor semnaturi moleculare specifice fiecarui stadiu avansat, pentru evidentierea diferentelor de expresie genica la tratamentul cu radioterapie
♦corelarea raspunsului clinic cu datele de genomIca si proteomica (semnatura moleculara) ; ♦validarea prin tissue array a principalelor proteine tisulare asociate genelor evaluate;
♦ evaluarea markerilor serici angiogenici implicati in invazie si metastazare precum si raspuns imun (Th1/Th2) prin protein-array ;
♦ implicarea factorilor de risc in rezistenta la radioterapie (realizarea unui protocol de urmarire conform conditiilor de viata si a incarcaturii genetice).

Institutia coordonatoare a proiectului:
Institutul Oncologic „ Prof Dr. Ion Chiricuta” Cluj-Napoca (IOCN).

 Componenta consortiului:

Consortiului de cercetare multidisciplinara va fi coordonat de catre:
Institutul Oncologic „I. Chiricuta” Cluj-Napoca (IOCN).

Parteneri in proiect sunt:
Universitatea de Medicina si Framacie „I. Hatieganu” Cluj Napoca (UMFCN)
Institutul de Sanatate Publica “Iuliu Moldovan„ Cluj-Napoca (ISPCN).

Autoritatea Contractanta (finantatore a proiectului):
Proiectul este realizat in cadrul Programului National de Cercetare, Dezvoltare si Inovare PN II - Parteneriate, program finantat de Autoritatea Nationala pentru Cercetare Stiintifica.
Cod Proiect CNMP: 42-160/2008

Durata proiectului:
Durata de desfasurare proiect: (36 de luni) 01.10.2008— 30.09.2011

Activitatile si responsabilitatile aferente fiecarui participant (Planul de realizare)

Etapa I Cercetare fundamentala - Studii privind analiza datelor din literatura de specialitate
Activitate 1.1 Analiza datelor din literatura de specialitate
Coordonator CO- IOCN
Up to date se documenza in studiile de genomica si proteomica in cancerelor de col uterin
Partener 1 UMF
Up to date oncologic in cancerul de col uterin; Protocoale de lucru; aliniere legislativ comunitar si international pentru procesare de probe biologice umane ca suport pentru cercetarea biomedicala.
Partener 2 ISPCN
Revizuirea si analiza datelor din literatura de specialitate privind implicarea unor factorii de risc ce tin de stilul de viata si mediu in etiopatogenia, evolutia si prognoza cancerul de col uterin

Activitatea 1.2 Definirea criteriilor de includere
Coordonator CO- IOCN Definirea loturilor de pacienti pe baza criteriilor de includere si excludere pentru stadiile avansate de cancer de col uterin.
Partener 1 UMF
Aliniere legislativ comunitar si international pentru procesare de probe biologice umane ca suport pentru cercetarea biomedicala.
Partener 2 ISPCN
Elaborare instrumente de lucru

Activitatea 1.3 Realizare pag web
CO, PI, P2, P3 furnizeaza datele necesare realizarii paginii web
Etapa II Cercetare industriala
Demararare studiu CERVIX-array
Selectarea pacientilor conform schemei de desfasuare a studiului

Activitate 2.1 Elaborarea designului studiului
Coordonator CO- IOCN
Stabileste conditiile optime si tipurile de evaluari de genomica si proteomica
Partener 1 UMF
Defineste activitatile necesare studiului de genomica si proteomica
Partener 2 ISPCN
Protocol de aplicare a formularelor de consimtamant si chestionarelor

Activitatea 2.2 Stabilirea loturilor de paciente in functie de criteriile de includere ale studiului conform conditiilor de etica aprobate
Coordonator CO- IOCN
Include pacientii in studiu pe baza criteriilor stabilite
Partener 1 UMF
Stabileste nr loturilor de pacienti pe baza criteriilor de includere care intra in studiile de genomica si proteomica
Partener 2 ISPCN
Elaborare instrumente de lucru. Formulare de consimtamant, chestionarelor de investigare a factorilor de risc ce tin de stilul de viata si mediu, validare chestionare

Activitatea 2.3 Formarea baze de date a pacientilor. Infiintarea biobancii; recoltarea probelor biologice (tesut; sange)
Coordonator CO- IOCN
Coordoneaza recoltarea probelor biologice (tesut, sange)
Partener 1 UMF
Coordoneaza stocarea probelor biologice in biobanca
Partener 2 ISPCN
Elaboreaza specificatii baza de date.

Activitatea 2.4 Evaluare incaractura virala HPV risc crescut
Coordonator CO- IOCN
Proceseaza si analizeaza tipurile virale HPV prin tehnologia qRT-PCR
Partener 1 UMF
Prelucreaza probele biologice in vederea diagnosticarii incarcaturii virale HPV risc crescut
Partener 2 ISPCN
Completarea lotului de paciente luate in investigatie, pentru studiul factorilor de risc ce tin de stilul de viata si mediu

Activitate 2.5 Prelucrea probelor biologice recoltate si completarea bazei de date
Coordonator CO- IOCN Extrage ARN si ser din probele biologice recoltate
Partener 1 UMF Include in baza de date informatiile obtinute in urma prelucrarii probelor biologice si cele clinice
Activitati suport CO Diseminare rezultate partiale Participare la cursuri de formare si perfectionare
Activitati suport PI Diseminare rezultate partiale Participare la cursuri de formare si perfectionare
Activitati suport P2 Diseminare rezultate partiale Participare la cursuri de formare si perfectionare

Etapa III Cercetare industriala. Consolidarea Biobancii; Pregatirea studiului de Genomica si Proteomica
Activitatea 3.1 Consolidarea Biobancii. Recoltarea de noi probe biologice
Coordonator CO- IOCN
Recoltarea de noi probe biologice de la pacientele intrate in studiu
Partener 1 UMF
Copleteaza baza de date cu noile cazuri intrate in studiu
Partener 2 ISPCN
Completarea lotului cu pacienetele intrate in studiu, pentru reprezentativitate si comparare. Analiza datelor si stabilirea profilului de risc

Activitatea 3.2 Prelucrea probelor biologice recoltate si completarea bazei de date
Coordonator CO- IOCN
Prelucrearea probelor biologice (examen anatomo-patologic, evaluare HPV)
Partener 1 UMF
Prelucrearea probelor biologice (examen anatomo-patologic, evaluare HPV)

Activitate 3.3 Sinteza de sonde microarray (Cy-cRNA)si evaluarea calitativa si cantitativa a acestora
Coordonator CO- IOCN
Extractia de ARN, si sinteza de sonde microarray Cy-cDNA)
Partener 1 UMF
Analiza prin nanotehnologie a sondelor Cy-cDNA
Activitati suport CO, Diseminare rezultate partiale; Participare la cursuri de formare si perfectionare
Activitati suport P1, Diseminare rezultate partiale; Participare la cursuri de formare si perfectionare
Activitati suport P2 Diseminare rezultate partiale; Participare la cursuri de formare si perfectionare

Etapa IV Cercetare industriala.
Realizarea Studiului de genomica si proteomica

Activitatea 4.1 Realizarea studiului de microarray pe lame WHG (Whole Human Genome)
Coordonator CO- IOCN Hibridarea sondelor de microarray pe lame WHG

Activitatea 4.2 Studiul de protein-array (Th1/TH2 si angiogeneza)
Partener 1 UMF evaluare de proteine serice implicate in angiogeneza si raspuns imun prin tehnologia Fast Quant
Activitati suport
Activitati suport CO Diseminare rezultate partiale Participare la cursuri de formare si perfectionare
Activitati suport P1 Diseminare rezultate partiale Participare la cursuri de formare si perfectionare
Activitati suport P2 Diseminare rezultate partiale Participare la cursuri de formare si perfectionare
Etapa V Cercetare industriala.
Validarea datelor obtinute. Diseminare si valorificare rezultate

Activitatea 5.1 Analiza bioinformatica a datelor microarray
Coordonator CO- IOCN Analiza datelor microarray prin softuri de bioinformatica (Gene Spring GX, Ingenuity)
Activitatea 5.2 Corelarea datelor de microarray si protein array cu evaluarea clinica post tratament
Coordonator CO, P1 Corelarea datelor de microarray cu datele clinice post tratament
Partener 1 UMF Corelarea datelor de proteinarray cu datele clinice post tratament

Activitate 5.3Validarea datelor de genomica prin qRT-PCR si identificarea de biomarkeri de predictie la terapie
Coordonator CO- IOCN Validarea datelor de genomica prin qRT-PCR
Partener 1 UMF Studii in silico pentru identificarea conditiilor optime de qRT-PCR

Activitate 5.4Diseminare pe scara larga prin comunicare si publicare
CO asigura diseminarea si valorificarea rezultatelor
P1 asigura diseminarea si valorificarea rezultatelor
P2 asigura diseminarea si valorificarea rezultatelor

Activitate 5.5 Conectare la retele nationale/europene
CO asigura conectarea la retele internationale, (Departamente si Universitati de profil medical si cu aplicabilitate in genomica si proteomica)
P1 asigura conectarea la retele internationale, (Departamente si Universitati de profil medical si cu aplicabilitate in genomica si proteomica)

Activitate 5.6 Vizite de lucru/ schimburi de buna practica
CO participa la schimburi de buna practica pentru imbunatatirea conditiilor de implementare a rezulatatelor cercetarii
P1 participa la schimburi de buna practica pentru imbunatatirea conditiilor de implementare a rezulatatelor cercetarii
P2 participa la schimburi de buna practica pentru imbunatatirea conditiilor de implementare a rezulatatelor cercetarii

Activitate 5.7 Identificarea si atribuirea drepturilor de proprietate intelectuala aupra rezulatelor
CO impart drepturile de proprietate conform Acordului de Parteneriat stabilit de comun acord.
P1 impart drepturile de proprietate conform Acordului de Parteneriat stabilit de comun acord.
P2 impart drepturile de proprietate conform Acordului de Parteneriat stabilit de comun acord.

Bugetul proiectului:
Valoarea proiectului:
2.000.0000 RON Buget de stat ; 0 RON cofinanatare

Rezultatele obtinute in fiecare etapa de derulare a proiectului:

Etapa I (01.10.2008-15.02.2009)

– Documentatii (Raport de state-of-the art) privind implicarea studiilor de genomica si proteomica in cancerele de col uterin
– Documentatii (Raport de state-of the art) privind metodele de analiza genomica
– Scheme (Chestionare) privind definirea loturilor de paciente pe baza criteriilor de includere si excludere pentru stadiile avansate de cancer de col uterin
– Procedee (Chestionare) de evaluare a factorilor de risc ce tin de stilul de viata si mediu in etiopatogenia, evolutia si prognoza cancerul de col uterin.
– Metode de analiza probe biologice; Protocoale de lucru pentru recoltare si procesare de probe biologice umane ca suport pentru cercetarea biomedicala.


Etapei a II-a 16.02.2009-15.12 2009
– Documentatii (Raport de state-of the art) privind stabilirea conditiilor optime si a tipurilor de evaluari de genomica si proteomica;
– Model conceptual (Baza de date) – includerea pacientelor in baza de date, (date clinice si de biologie moleculara). Stocarea probelor in biobanca.
– Metode de analiza probe biologice- recoltarea si procesarea de probe biologice (tesut, sange, citologie vaginala).

Etapa a III-a 16.12.2009-10.12.2010
– Model conceptual (Baza de date) – includerea pacientelor in baza de date, (date clinice si de biologie moleculara). Stocarea probelor in biobanca.
– Metode de analiza probe biologice- recoltarea si procesarea de probe biologice (tesut, sange, citologie vaginala).
– Metode de analiza probe biologice-genotipare HPV (37 de subtipuri)
– Analiza factorilor de risc ce tin de stilul de viata si mediu in etiopatogenia, evolutia si prognoza cancerul de col uterin.
Datele de contact ale directorului de proiect:

Contact:

Dr. Ovidiu Balacescu

Institutul Oncologic “Prof Dr. Ion Chiricuta” Cluj-Napoca
Departamentul de Genomica Functionala, Proteomica si Patologie Experimentala

Str. Republicii nr 34-36, Cluj Napoca, Cod 400015
Tel: 0264-590638, Fax: 0264-590638
Email: obalacescu@yahoo.com; ovidiubalacescu@iocn.ro

 Rezultatele finale ale proiectului

O metoda moderna de investigatie in medicina prin care se poate face o predictie a eficientei tratamentului cu radio-chiomioterapie in cancerul de col uterin cu o incarcatura virala HPV cunoscuta.

 P. Publicatii
1. Balacescu O, Balacescu L, Tudoran O, Todor N, Rus M, Buiga R, Susman S, Fetica B, Pop L, Maja L, Visan S, Ordeanu C, Berindan-Neagoe I, Nagy V. Gene expression profiling reveals activation of the FA/BRCA pathway in advanced squamous cervical cancer with intrinsic resistance and therapy failure. BMC Cancer. 2014 Apr 8;14:246. doi: 10.1186/1471-2407-14-246.

2. Oana Tudoran, Olga Soritau, Ovidiu Balacescu, Loredana Balacescu, Cornelia Braicu, Meda Rus, Claudia Gherman, Florin Irimie, Ioana Berindan Neagoe. Early transcriptional pattern of angiogenesis induced by EGCG treatment in cervical tumor cells - J Cell Mol Med. 2012 Mar;16(3):520-30. doi: 10.1111/j.1582-4934.2011.01346.x.

3. Berindan-Neagoe I, Braicu C, Tudoran O, Balacescu O, Irimie A, Early apoptosis signals induced by a low dose of epigallocatechin 3-gallate interfere with apoptotic and cell death pathways, Journal of Nanoscience and Nanotechnology, manuscript accepted for publication 21.09.2011.

4. Sorina Irimie, Mariana Vlad, Ileana Maria Mirestean, Ovidiu Balacescu, Rus Meda, #Loredana Balacescu, Ioana Berindan-Neagoe, Rares Buiga, Oana Tudoran, Viorica Nagy, Alexandru Irimie. Risk profile in a sample of patients with advanced cervical cancer. Applied Medical Informatics, volumul 29(4), 2011; pag 1-10 (BDI).

5. Meda Rus, Loredana Balacescu, Oana Tudoran, Cornelia Braicu, Ioana Berindan-Neagoe, R.Buiga, Viorica Nagy, N.Todor, Manuela Banciu, N.Dragos, O.Balacescu. Could HPV hight risk genotypes predict the response to the therapy in cervical cancer? Annals of RSCB, (2011),vol XVI, nr 2, 121-127 (BDI).

Patent National (OSIM): Nr 128780 din 26.02.2016, (BOPI nr 2/2016) intitulat: Metoda de predictie a raspunsului la chimio-radioterapie in cancerul de col uterin prin studii de genomica functionala. (Dr. Ovidiu Balacescu, Dr. Loredana Balacescu, Prof. Dr. Ioana Neagoe, Prof Dr. Alexandru Irimie)